Значение фамилии - Яхонтов. Основа - яхонт, старинное название рубина и сапфира. Как и названия других драгоценностей, слово еще с конца XVIII в. часто служило основой фамилий, даваемых священниками выпускникам духовных семинарий: Алмазов, Серебров и др.